مصطفی در آمریکا ، پس از چندین سال تلاش علمی و پژوهشی در معتبر ترین دانشگاه آمریکا "برکلی" و در جمع معروف ترین دانشمندان جهان در کالیفرنیا موفق به اخذ مدرک دکترای الکترونیک و فیزیک پلاسما با ممتاز ترین درجه علمی گردید .

او در آمریکا برای نخستین بار انجمن اسلامی دانشجویان آمریکا را پایه گذاری کرد که همین امر باعث می شود که رژیم پهلوی او را از بورس تحصیلی شاگردان ممتاز محروم سازد .

پس از شهادت مظلومانه همنامش سید مصطفی خمینی و شهادت مردم ایران در قیام 15 خرداد ، با اقدامی جسورانه ، به یکباره تمام موقعیت های علمی و دنیوی خویش را به بازی گرفت ،تمام پل های پشت سر خویش را خراب کرد و با نیت سامان دادن مبارزه ای آشکار علیه رژیم طاغوت راهی مصر گردید . مصطفی در مصر سخت ترین دوره های چیکی و جنگ های پارتیزانی را گذرانید ؛ تا جایی که به عنوان بهترین تکاور آن دوره شناخته شد .

پس از پایان دوره ، به لبنان عزیمت نمود و پایگاهی را برای تعلیم جنگ های چریکی به مبارزان و مجاهدان ایرانی ایجاد نمود. در همان دوران بین مصطفی و امام موسی صدر "رهبر شیعیان لبنان" رفاقتی عمیق و پا گرفت . زفاقتی الهی که خیر و برکت آن در بنیان گذاری سازمان امل ب هدف دفاع ار حقوق مسلمانان و شیعیان محروم لبنان و فلسطین جلوه گر شد و همینک نیز روح و حقیقت آن حرکت الهی حزب الله لبنان استمرار یافته است .

با پیروزی انقلاب ، مصطفی پس از 21 سال هجرت و مجاهدت برای دیدار با حضرت امام ، پا به خاک ایران اسلامی گذاشت و با ااره حضرت امام در ایران ماند و دیگر به لبنان باز نگشت . او از آن پس لحظه لحظه ی عمر پاک خویش را وقف خدمتگزاری به دولت و انقلابی کرد که زمینه ساز دولت کریمه مهدوی می دانست .

... جنگ در دهلاویه مغلوبه شده و ایرج رستمی ، فرمانده نیروهای نامنظم در دهلاویه ، به شهادت رشیده است . مصطفی به سوی دهلاویه حرکت می کندتا فرمانده جدید را معرفی نماید ؛ او فرمانده جدید "مقدم پور" را بر سر خاکریز می برد تا محور را به او نشان شد که در همان لحسظه خمپاره ای کنارشان می افتد و هر دوی آنها آسمانی می شوند ...

به یاد سردار شهید دکتر مصطفی چمران "49 ساله به هنگام شهادت"

منبع : کتاب پاوه سرخ و کتاب قصه فرماندهان ش 6